Департамент авиационной безопасности АО «Авиационная администрация Казахстана» осуществляет контроль за обеспечением авиационной безопасности и соблюдения требовании организациями гражданской авиации законодательства Республики Казахстан в области авиационной безопасности.

В соответствии с Правилами сертификации и выдачи сертификата по организации досмотра службой авиационной безопасности аэропорта, утвержденных приказом и.о. Министра по инвестициям и развитию РК от 24 февраля 2015 года №160 осуществляет сертификацию в области авиационной безопасности.

В соответствии с положением Департамента авиационной безопасности осуществляет следующие функции:

1. организовывает работы по защите гражданской авиации Республики Казахстан от актов незаконного вмешательства в ее деятельность, путем внедрения стандартов и рекомендуемой практики Международной организации гражданской авиации (ИКАО);
2. проведение сертификации, проверок, аудитов, обзоров и испытаний в организациях гражданской авиации в области авиационной безопасности;
3. осуществление контроля и надзора совместно с другими государственными органами в соответствии с их компетенцией за соблюдением законов, правил и процедур, обеспечивающих защиту гражданской авиации Республики Казахстан от актов незаконного вмешательства;
4. рассмотрение и утверждение программы подготовки и переподготовки специалистов служб авиационной безопасности,  согласование программ по авиационной безопасности аэропорта, организации гражданской авиации которые технологический связаны с аэропортом, эксплуатантов гражданских воздушных судов Республики Казахстан и иностранных государств, выполняющих регулярные полеты в аэропорты Республики Казахстан;
5. выдача государственных услуг, в частности: продление, приостановление и отзыв сертификата по организации досмотра служб авиационной безопасности аэропорта и выдача удостоверений члена экипажа лицам летного состава, кабинного экипажа, инженерно-техническому составу, обеспечивающему техническое сопровождение полетов, имеющим действующие свидетельства авиационного персонала, и персоналу, обеспечивающему безопасность воздушного судна в полете;
6. выдача сертификата о допуске к работе персонала по авиационной безопасности организации гражданской авиации и другим лицам;
7. разработка проектов инструкций, правил и процедур, регламентирующих порядок обеспечения авиационной безопасности.

Департамент авиационной безопасности совместно с правоохранительными и специальными органами проводит мероприятия направленные на обеспечение антитеррористической защищенности объекта.